8:39：一架水上飞机在港内发现一艘潜艇并对它开火。
8:40—9:15：轰炸机的攻击。
8:40：一艘美国驱逐舰与一艘日本潜艇相撞并开始投深水炸弹。潜艇受伤后上浮。一个地方电台报导日本空袭。
8:50：第二波攻击指挥官下攻击令。
8:54：第二波攻击开始。54架轰炸机和78架俯冲轰炸机进行攻击，36架战斗机夺取制空权。
9:00：一艘荷兰的远洋轮是第一个参加战争的同盟者。
9:15—9:45：俯冲轰炸机进攻。
9:30：港外和岛北的船只受到攻击。
9:45：进攻减弱。
10:00：第一波飞机回到停在岛北180海里的舰队。
11:15：夏威夷总督在电台中宣布整个夏威夷领地进入戒严状态。
11:46：有人报告日军在欧胡岛登陆。
12:10：美国侦察机飞向岛北但未能发现任何敌机或敌舰。
12:40：夏威夷总督和美国总统同意在夏威夷引入战时法并建立军政府统治。
13:00：日军飞行队队长与南云中将讨论进行第三波攻击的可能性。
13:30：南云下令返航。
16:25：夏威夷总督签署战时法
日本偷袭珍珠港存在两种说法，一是偷袭珍珠港事件是真正的偷袭。二是美国人的阴谋，是故意让偷袭成功的。第一种说法当然是公认的历史，第二种说法是在部分军事迷中流传的，特别是一些日本人始终坚持认为珍珠港事件完全是一桩特大的阴谋。为什么有这种说法？因为日军的突袭看似非常成功，但一些莫名其妙的巧合使日军的战略意图没有一件达到。
存在疑点
首先谈谈日军的战略意图，提起偷袭珍珠港，就不能不提到山本五十六。
1884年4月4日他出生在日本新泻县长冈的一个破落武士家庭，出生时父亲五十六岁，故此得名五十六。1901年以第二名的优异成绩考入江田岛海军军官学校。
1904年刚毕业即以少尉候补生的资格参加日俄战争中的对马海战，在海战中失去了左手的食指和无名指。海战的胜利使他对当时的联合舰队司令东乡平八郎十分崇拜，立志要像东乡那样建功立业。1914年至1916年在日本海军大学深造。
1919年至1921年赴美国哈佛大学攻读英语，选修燃油专业。回国后在海军大学任教官。1923年奉命前往欧美考察各国海军，在旅欧途中，曾到赌场一展他的高超赌技，使他成为有史以来第二个因赌技太高而被著名的摩纳哥赌场谢绝入场的人。山本酷爱赌博，他赌博的格言是要么大赢，要么大输。这一点对他的军事思想也有着重大影响，日后的偷袭珍珠港，也正充溢着孤注一掷的赌博痕迹。
1925年出任日本驻美国大使馆海军武官，由于日本在日俄战争后就将美国视为潜在的最大敌人，所以这一职位的人选通常是由海军中最有前途的优秀军官来担任，以使他们能对美国有一个比较感性和客观的了解。1928年回国，历任巡洋舰舰长、航空母舰舰长、海军航空本部技术部长、第一航空战队司令、海军航空本部部长、海军省次官，最后于1939年8月升任联合舰队司令。
1940年军衔也晋升为海军大将。山本曾数次赴美，或求学或考察或任职，对美国的经济和军事潜力有着极为深刻的了解。所以最初他竭力反对与美国开战，成为日本海军中坚定的反战派人士，甚至因此几乎遭到激进少壮派的暗算，但是山本绝不是和平主义者，他所反对的只不过是与强大的英美开战，因为他曾准确预测日本即使通过偷袭珍珠港重创美军太平洋舰队，也只不过能保持一年到一年半的优势。——所以在他担任第一航空战队司令时积极参与对中国的侵略。当日本大本营与英美开战的战略方针确立后，他便一改初衷，竭尽全力策划组织对美国的作战方针，那就是以突袭手段力求在开战初期就一举全歼或重创美国太平洋舰队，确立起日本的军事优势，并不断对美国实施主动进攻，使其无法积蓄起足够与日本对抗的力量，从而赢得战争的胜利。
而这一战略的第一步就是一场赌博——对美国太平洋舰队的突袭。其作战计划中有两个重要内容，一是击沉三艘航空母舰，二是对美宣战的最后通牒必须于攻击前30分钟美国时间12月7日十三时递交。这样做的目的是，山本五十六深知美国人的性格，崇尚面对面的决斗，通过事先宣战而打击美国的士气，从而把美国逼回到谈判桌前，签订互不侵犯的协定。可是在袭击当天偷袭的主要目标美国太平洋舰队的三艘航空母舰及二十二艘其他军舰不在珍珠港，而最后通牒的送达却莫名其妙的推迟了一个半小时，使名正言顺的宣战变成了卑鄙无耻的偷袭。
华盛顿时间下午一时四十分，比日本外交部预定的递交最后通牒的时间晚了四十分钟，此时珍珠港的战斗已经打响二十分钟了。美国国务卿赫尔在接见日本代表前已经知道珍珠港遭到了偷袭，但是罗斯福总统要求他只要收下日方的答复，冷淡地把日方代表送走。于是赫尔装作认真地阅读了日方的答复，然后用难以掩饰的愤怒说：“这是我任职五十年来，从未见过如此卑鄙的政府和如此虚伪歪曲的文件！
”正是由于在递交正式宣战的文件之前，日本就发动了进攻，激起了美国举国上下无比的愤慨。山本在接到胜利的电文后，丝毫没有大胜的喜悦，对前来祝贺的部属只是淡淡地说：“我们只不过唤醒了一个沉睡的巨人。”〕正是这两个巧合成为怀疑偷袭珍珠港是美国的阴谋论的理由，虽然美国解释过三艘航母不在港和宣战文件为何迟到得原因，但仍不能消除大家的疑问。