德军直接到达雅典卫城及升起纳粹旗帜，根据很多目击者，希腊精锐步兵部队除下希腊国旗后拒绝交给入侵者及从雅典卫城跳下，无论这个故事是否真的，很多希腊人相信及视这些士兵为烈士。
英联邦军队的撤退
1941年4月15日早上，韦维尔向威尔逊发出如下信息：“我们必须在与希腊人合作下继续战斗，不过根据情报我们有必要尽快撤退。”
当中东战区英军总司令阿奇博尔德??珀西瓦尔??韦维尔将军在4月11日至1日在希腊时已经警告威尔逊不能预计有任何增援，及授权弗雷迪??德??金根少将与有关官员讨论撤退计划，无论如何，英国人在这个阶段不会提出任何建议；所有建议均来自希腊政府，第二天帕帕戈斯向威尔逊建议军团应该撤走后先行离开，威尔逊通知中东总部及海军上校伯利??古乐门在4月17日到达希腊准备撤退计划，同一天威尔逊回到雅典与希腊国王、帕帕戈斯、迪阿比亚克及古乐门会谈，晚上，科里齐斯向国王会报战败的消息后自杀，4月1日，韦维尔在口头上批准威尔逊撤退的要求后补回书面命令，命令英联邦部队撤退往克里特岛及埃及。
5,00人，大部份隶属新西兰第5步兵团在4月4日晚上从阿提卡东部的波尔图拉斐迪，当时新西兰第4步兵团仍在封锁通往雅典的道路，当地已被新西兰部队4时禁止通行。4月5日（澳新军团日），少数皇家空军中队离开希腊（迪阿比亚克在克里特岛的伊拉克利翁设立了指挥部），及10,00名澳大利亚士兵从纳夫普利翁及米加拉撤退，另外,000人则等待至4月7日因为尤尔斯特皇子接近纳夫普利翁，德军认清撤退行动是自东伯罗奔尼撒的港口进行。
4月5日，德军空降攻占了科林斯运河上的大桥，这有双重目的：切断英军撤退路线及掩护他们进入科林斯地峡，进攻在初期便取得成功，直至英军一枚炮弹错误击毁大桥为止，武装亲卫队第1摩托化旅在约阿尼纳集结，准备经阿尔塔沿班都斯山脉西面的山麓丘陵向米索隆基进发，及在佩特雷横过伯罗奔尼撒从西面进入地峡，当他们在4月7日下午5时0分到达时知道伞兵部队已经被从雅典开来的部队代替。
在科林斯运河上架设临时桥梁令第5装甲师可越过伯罗奔尼萨追击敌人，当他们经阿尔戈斯往卡拉马塔时，他们发现大部份盟军单位已经撤退，他们在4月9日到达南部海岸，在这裹他们与从皮尔戈斯开来的武装亲卫队会合，在伯罗奔尼萨他们与一些孤立和未能准时登船的盟军爆发零星战斗，这次进攻对切断从希腊中部撤退过来的英军已迟了数天，不过他们仍然包围了澳大利亚第16步兵团及澳大利亚第17步兵团。4月0日，大约50,000名士兵已经撤离，不过却被德国空军重创，大约6艘运兵船被击沉，德军在卡拉马塔共俘虏大约7,000—8,000名来不及撤退的英联邦（包括,000名赛普耶斯及巴勒斯坦人）及南斯拉夫士兵，同时从盟军战俘营中释放了很多意大利战俘。
1941年4月1日，希特勒发出元首第7号指令，明他即将在希腊的占领政策，他最后决定在巴尔干的占领范围的元首第1号指令在6月9日发出，希腊本土被德国、意大利及保加利亚瓜分，德军占领了很多在战略上很重要的地区，主要是雅典、塞索洛尼基及中马其顿及一些在爱琴海的岛屿包括大部分克里特岛，他们亦占领弗洛里纳，意大利及保加利亚均要求这裹，同一天措拉格鲁请求投降，保加利亚军入侵色雷斯，目的是控制在西色雷斯及东马其顿的爱琴海出口，保加利亚人占领了斯垂蒙河经萨莫色雷斯岛至斯维林格勒西面的萨摩斯河的分界线，剩下的由意大利占领，意大利军在4月8日开始占领在爱奥尼亚海及爱琴海的岛屿，6月日他们占领伯罗奔尼萨、6月8日他们占领提萨里及在6月1日占领阿提卡。
希腊在被占领其间，人民面对极权统治，很多人因困苦及饥饿而死亡，占领者也因此面对困难及付出高昂代价，这导致希腊民主军的建立，他们对占领者发动游击战及建立情报网络。
1941年4月5日，乔治二世及其政府离开希腊本土到达克里特岛，该岛在5月0日受到进攻。德国人出动伞兵进行大规模空降入侵及进攻在岛上马莱迈、瑞思诺及伊拉克利翁的个主要机场，经过7天激烈战斗及顽强抵抗，盟军指挥官认为战事已没有希望及命令从斯法克亚撤退。1941年6月1日，盟军从克里特岛的撤退完成及全岛被德军占领，在德军第7伞兵师付出惨重的伤亡后，希特勒禁止以后进行任何空降作战。克特??司徒登将军称克里特岛是德军伞兵的坟墓或这场战役是悲惨的胜利，在5月4日晚上，乔治二世及其政府从克里特岛撤退到埃及。